Inspektorat Jenderal sebagai salah satu unit kerja di lingkup Departemen Pertanian yang memiliki tugas dan kewenangan di bidang pengawasan secara tidak langsung turut bertanggungjawab terhadap keberhasilan pelaksanaan program/kegiatan dalam pembangunan pertanian. Bentuk tanggungjawab tersebut ditunjukan dengan melahirkan berbagai terobosan program ataupun kegiatan dibidang pengawasan sebagai upaya untuk meminimalisir terjadinya ketidakefektifan, ketidakefisienan dan ketidakekonomisan pelaksanaan program/kegiatan pembangunan pertanian tersebut. Beberapa program/kegiatan terobosan yang memungkinkan untuk mencapai tingkat keefektifan, keefisienan, dan keekonomisan dalam pelaksanaan program/kegiatan pembangunan pertanian secara optimal antara lain program/kegiatan yang mengefektifan kembali sistem pengawasan melekat.

Rentang kendali yang cukup luas, diterbitkannya Undang-Undang (UU) Nomor 32 tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah dan UU Nomor 33 tahun 2004 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah, yakni sistem pengendalian yang ada dalam implementasinya belum sepenuhnya mendukung kecepatan informasi kinerja pelaksanaan dana dekonsentrasi dan tugas pembantuan yang dilimpahkan oleh Menteri (Pemerintah Pusat) dan yang dilaksanakan oleh Gubernur (Pemerintah Provinsi) dan oleh Bupati/Walikota (Pemerintah Kabupaten/Kota).

Sejalan dengan terbitnya Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendali Intern Pemerintah (SPIP), Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian menilai bahwa pelaksanaan SPIP merupakan salah satu upaya konkrit untuk mengefektifkan, mengefisienkan serta mengekonomiskan pelaksanaan program/kegiatan pembangunan pertanian ditingkat unit kerja. Untuk itu, Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian berusaha mendorong terbentuknya satuan pelaksana (satpel) SPI di unit kerja Eselon I dan UPT lingkup Departemen Pertanian. Diharapkan dengan terbentuknya satpel SPI diunit kerja eselon I ataupun di UPT lingkup Departemen Pertanian, unit kerja Eselon I atau UPT lebih optimal dalam mengidentifikasi pelaksanaan program/kegiatan, sehingga tujuan dan sasaran dari pelaksanan program/kegitan tersebut dapat dicapai dengan efektif, efisien, serta dapat memberikan dampak ganda yaitu menyumbang pertumbuhan ekonomi nasional dan meningkatkan kesejahteraan petani.

Selain itu, Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian sebagai APIP  sesuai Instruksi Presiden Nomor 5 Tahun 2004 tentang Percepatan Pemberantasan Korupsi pada diktum ke-5 yang mengamanatkan kepada Menteri dan lainnya untuk menetapan program dan Wilayah yang menjadi tanggungjawab dan ruang lingkupnya sebagai Program dan Wilayah Bebas dari Korupsi, terpanggil untuk mempelopori percepatan terwujudnya tatakelola pemerintahan yang baik dan pemerintahan yang bersih, diantaranya melalui pencitraan Wilayah Bebas dari Korupsi. Pencanangan WBK ini menjadi ikon 2009 bagi Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian yang diharapkan mampu menciptakan suatu brand image institusi Inspektorat Jenderal Departemen kedepan. Sebagaimana visinya pada tahun 2010 - 2014 mengamanatkan menjadi lembaga pengawasan yang profesional dalam menegakkan kepemerintahan yang baik dan bebas dari KKN di Kementerian Pertanian. Rasanya kedua hal tersebut tidak boleh tidak harus diupayakan realisasinya, tidak hanya pada tataran wacana, lebih dari itu perlu upaya maksimal dan komperehensif dengan melibatkan semua aparat yang ada didalamnya.

Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian sebagai institusi memandang bahwa pelaksanaan program/kegitan tidak akan optimal jika manusia yang terlibat didalamnya tidak berupaya mengendalikan diri untuk tidak melakukan tindak korupsi. Atas dasar tersebut, Inspektorat Jenderal Departemen Pertanian melakukan terobosan peran pengawasan secara pre-emtif tanpa meninggalkan cara preventif, korektif, serta represif. Metode pre-emtif ini dilakukan melalui sentuhan hati (jiwa) setiap Pegawai Negeri Sipil (PNS) Departemen Pertanian untuk tidak melakukan perbuatan yang menyimpang dari ketentuan peraturan perundang-undangan. Menguatkan peran manusia sebagai insan (selalu berbuat baik) yang ikhlas (bekerja tanpa pamrih). Roh atau jiwa dari pelaksanaan metode pre-emtif adalah mengedepankan sifat atau sikap Tafakkur, Hisab dan Dzikir (THD).